Mikropumppujen haittoja ovat pääasiassa seuraavat seikat:
1. Käyttöolosuhteita koskevat rajoitukset
Ei voi toimia ilman vettä pitkään: mikropumppu on helppo polttaa vesipulan tilassa, pääasiassa siksi, että pumppu joutokäynnillä tai kuivakierroksella, moottori ja mekaaniset osat vaurioituvat voitelun ja jäähdytyksen puutteen vuoksi.
Riittämätön itseimevä kapasiteetti: joissakin mikropumpuissa ei ole itseimevää kapasiteettia, ja ne on upotettava tai asennettava nestepinnan alapuolelle toimiakseen normaalisti, mikä rajoittaa niiden käyttöä.
Toiseksi suorituskyky ja tehokkuus
Rajoitettu lähtöpaine: Mikro-uppopumpun lähtöpaine (korkeus) ei yleensä ole korkea, joten se sopii paremmin suuriin virtauksiin ja alhaiseen paineeseen.
Meluongelmat: Vaikka jotkin mikropumput, kuten DC-harjattomat pumput, toimivat hyvin hiljaisuuden suhteen, joissakin tuotteissa on silti suuria meluongelmia, etenkin suurilla nopeuksilla.
Huolto ja kustannukset
Korkeat ylläpitokustannukset: Joidenkin mikropumppujen, kuten harjattomien tasavirtapumppujen, ylläpitokustannukset voivat olla korkeat niiden monimutkaisen rakenteen vuoksi. Lisäksi vian sattuessa voidaan tarvita ammattimaista huoltoa.
Korkeammat kustannukset: Joihinkin perinteisiin pumppuihin verrattuna mikropumppujen valmistuskustannukset ovat korkeammat, mikä johtaa myös niiden suhteellisen korkeaan myyntihintaan.
4. Muut haitat
Helppo käyttää: Mikropumpuissa, jotka käyttävät peruutukseen hiiliharjoja, hiiliharjat kuluvat käyttöajan pidentyessä, mikä lisää ääntä tai jopa epäonnistuu.
Resonanssiongelma: Joissakin tapauksissa mikropumpun moottorin värähtelytaajuus voi olla sama tai lähellä rungon tai ympäröivien muoviosien värähtelytaajuutta, mikä johtaa resonanssiilmiön esiintymiseen.